三重県の新築住宅の全館空調のデメリットとして挙げられるのは、費用がかかる点と部屋ごとの温度調整が難しくなる点です。初期費用は平均すると200〜300万円と高額であり、導入後も維持費やメンテナンスの費用がかかります。また、当然ながら全館空調は使用していない部屋も温度管理されるため、光熱費がかかります。ごく稀ではありますが、もし全館空調が故障した場合は全ての部屋のエアコンがきかなくなります。全館一括管理になるため、部屋ごとに温度調整することもできません。全館空調に限った話ではありませんが、常にエアコンが付いている状態なので冬場の乾燥が強くなることもあります。デメリットはいくつかありますが、最近では住宅の性能が良くなっているため、これらのデメリットは解消されてきています。省エネに注目しコストを抑えられるよう企業努力をしているメーカーが増えていますし、定期的にメンテナンスをすれば故障もほとんどありません。デメリットよりもメリットの方が大きいと言えるくらい、全館空調の質は向上しています。